中医药学系立足“扎根山西、面向全国、服务区域社会”的办学定位，秉承“强中优西、通经熟技、师承续贯、培养中医思维、重视临床运用”的办学特色，依托学校雄厚的医学办学基础及区域丰富的中医药资源，以长治医学院附属和平医院、长治医学院附属和济医院、长治市中医研究所附属医院、长治市中医医院为教学平台，致力于培养兼具深厚人文底蕴、科学素养与职业精神的高素质人才。目前设有10个教研室，承担着全校中医学、康复治疗学、运动康复学、健康服务与管理等多个专业的中医类课程的教学任务。

中医药学系共有专任教师149人，其中，具有高级职称以上教师65人，具有硕士、博士学位教师116人，形成了较为合理的职称与学历结构，能够满足教学、科研和专业发展的多层次需求。拥有校本部和附属医院中医各类教学实验、实训平台约3000㎡，涵盖中医学基础实验实训室、中医诊断学实验实训室、中药方剂实验实训室、针灸推拿实训室、中医康复实训室以及中医内外妇儿等临床各类实训平台，可满足中医学专业基本技能操作、情景模拟、虚拟教学和中医临床思维培养等多层次的实验实训教学需求。附属和平医院是华夏中医药文化科普基地、中华中医药学会康复分会常务理事单位、山西省针灸学会副理事长单位，山西省康复学会针灸康复会主委单位、山西省基层适宜技术推广应用承担单位，拥有国家级名中医1人、山西省名中医2人，山西省中医临床优秀人才1人，九针非遗传承人3名。长治市中医研究所附属医院是“全国中医名院”“山西省示范中医医院”，入选全国基于中医特色优势与科技影响力评价百强中医院，山西省地市级中医医院第 1 位，国家发改委、国家中医药管理局的审核国家中医特色重点建设医院，是山西省针灸技术推广建设基地，国家中医重点专科、国家中医优势专科1个，山西省中医重点专科6个，山西省中医优势专科4个，拥有国医大师2名、全国名中医1人，全国中医药创新骨干人才1人，山西省名中医5人，山西省老中医药专家学术经验继承工作指导老师8人，地区名中医名老中医21人。长治市中医医院为国家中医类医师资格考试实践技能考试基地、国家中医药管理局区域针灸诊疗中心建设战略合作联盟单位，中华中医药学会治未病分会指导单位，晋冀鲁豫中医联盟单位；国家级重点专科1个，国家中医药预防保健及康复服务能力建设单位1个；拥有全国中医药特色技术传承人才6人，省级名中医6人，地区名中医、名老中医20人，山西省中医临床优秀人才6人。中医药学系以“立德树人”为根本任务，创建了“院校教育与师承教育并行、课堂教学与临床教学并重、通识教育与个性化培养融通”的人才培养模式，融经典理论教育、中医思维培养与实践技能训练于一体，致力于培养高素质应用型中医学专业人才。